Eleni Mihu, arkeologe Kisha “Shën Nikolla” e Agorasë ndodhet në Janinë, në rrugën e sotme “Haxhikonsta”, në qendrën historike të qytetit. Kisha ka ekzistuar që në fillim të shek. XVII, sipas një dokumenti të korrikut 1628, si dhe të një shënimi përkujtimor në librin e mujorit të korrikut të kishës së Shën Nikollës, Kopanon, ku përmendet se më 19 shkurt 1630 djali i Rexhep agës shkatërroi kishën e Shën Nikollës së Agorasë. Deri më 2 dhjetor 1647, kisha nuk ishte rindërtuar. Ajo përmendet përsëri në mars 1749, por përsëri nuk bëhet e ditur viti i saktë i ringritjes së saj. I vetmi fakt i sigurt është se kisha u rindërtua midis viteve 1647-1749. Ajo u shkatërrua sërish gjatë përleshjeve të përgjakshme midis Ali Pashës dhe Hurshit Pashës, dhe shkatërrimit të Janinës në vitin 1822 nga trupat e sulltanit. Rindërtimi i dytë, që i dha kishës pamjen e sotme, filloi në vitin 1837, me donacionet e vëllezërve Zosima dhe të G. Haxhokonstas, i cili ndërtoi edhe spitalin atje pranë dhe përmbylli punimet e kishës në vitin 1842. Ndërkaq, të pakta janë informacionet për historinë e kishës pas përfundimit të punimeve për rindërtimin e saj.