Vithkuqi ndodhet njëzet kilometra në jugperëndim të qytetit të Korçës dhe në jug të Voskopojës fqinje. I ndërtuar në një lartësi prej 1300 m mbi nivelin e detit, manastiri rrethohet nga male të larta, të cilat krijojnë një peizazh të bukur natyror dhe piktoresk.
Historia e Vithkuqit zë fill që nga periudha bizantine. Sipas traditës, ndërtimi i kishës së parë, kushtuar Shën Athanasit, daton në vitin 1162. Vendosja e sundimit osman në Shqipërinë e Jugut në fund të shek. XV solli zhvillime të reja që prekën edhe Vithkuqin. Sulltan Bajaziti II i lëshoi si mylk, stallierit të parë dhe pushtuesit të Psamathisë, Mirahor Evel Iljaz beut, shtatë fshatra në zonën e Korçës, ndër të cilat edhe Vithkuqin.
Gjatë shek. XVII-XVIII, Vithkuqi arriti një nivel të lartë ekonomik dhe kulturor, duke ndjekur rrjedhën e shumë qendrave të njohura të kohës, si Voskopoja, Nikolica, Shipska etj. Sipas historianëve të shek. XIX, gjatë kësaj periudhe prosperiteti, vithkuqi shtrihej në njëzet e katër lagje, ndër të cilat përmendim lagjet “Dukas”, “Borishë”, “Grekas”, “Tataç”, “Kovaças”, “Rusas” etj.
Gjatë viteve kur kryepiskop i Ohrit ishte Joakimi nga Voskopoja (1719-1745), u shënua një zhvillim i madh në fushën e kulturës dhe arsimit. Përveç burimeve historike të kohës, këtë e dëshmojnë edhe kishat e zbukuruara të Vithkuqit, të cilat janë ndër monumentet më përfaqësuese të artit kishtar të shek. XVIII në Ballkan. Mes rreth katërmbëdhjetë kishave dhe manastireve që kanë ekzistuar në Vithkuq, një vend të veçantë zë manastiri i Apostujve të Shenjtë Petro dhe Pavli, që ruhet edhe sot.

Manastiri ngrihet në një kodër, në verilindje të Vithkuqit, pranë rrënojave të lagjes historike “Borishë”. Në të shkuarën, manastiri i përkiste provincës kishtare të administruar nga Mitropolia e Kosturit. Sipas kodikut të manastirit, të botuar nga Filaretos Vafeidis, manastiri u ndërtua gradualisht në dy faza. Faza e parë e ndërtimit nisi në vitin 1709, pas lëshimit të fermanit përkatës sulltanor dhe me para të siguruara nga Haxhi Athanas Rimaraj, nga lagjja “Borishë” e Vithkuqit. Kryemjeshtri që ndërtoi manastirin ishte Thana Lenas, nga e njëjta lagje. Në vitin 1710, u bë inaugurimi i kishës nga mitropoliti i Kosturit, me prejardhje nga Voskopoja, Dionisi, dhe peshkopi i Prespës, Joasafi, i cili më vonë u bë kryepiskop i Ohrit. Faza e dytë nisi në vitin 1759, gjatë kohës kur igumen i manastirit ishte Niko Tarasi, me ngritjen e kishës qendrore, kushtuar Apostujve të Shenjtë Petro dhe Pavli. Kisha, e tipit bazilikë me një kupolë, u pikturua në vitin 1763 nga vëllezërit korçarë Kostandin dhe Athanas Zografi. Në vitin 1761 u pikturua ikonostasi i kishës.
Në kompleksin e manastirit gjendet edhe kisha e varrezave kushtuar Anargjendëve të Shenjtë Kozma dhe Damian. Kisha u ngrit në vitin 1736 dhe u pikturua në vitin 1750 (18 maj), po nga vëllezërit Kostandin dhe Athanas Zografi. Sipas mbishkrimit ktitorik, kisha u ngrit në vitin 1736, në kohën kur igumen i manastirit ishte Metodi, me shpenzimet e priftit ikonom, atë Joanit nga “Ajdhonohori pranë Serres”. Kisha u pikturua në vitin 1750 (18 maj) nga piktorët korçarë Konstandin dhe Athanas Zografi, kurse shpenzimet e pikturimit i morën përsipër arkondi Siropulos nga Ajdhonohori dhe Panajot Desina nga Vithkuqi. Fakti që dy nga donatorët e ndërtimit dhe të pikturimit të kishës vinin nga Ajdhonohori i Serres, dëshmon për marrëdhëniet tregtare që banorët e zonës së gjerë të Voskopojës kishin me zonën e Serres.
Nga kompleksi i manastirit sot ruhet kisha qendrore e Apostujve Petro dhe Pavli dhe kisha e Anargjendëve Kozma e Damian, që ndodhet jashtë murit të manastirit. Godinat e tjera dhe konakët u shkatërruan gjatë Luftës së Dytë Botërore, kur Vithkuqi u dogj nga italianët (1943). Në atë kohë u dogjën edhe katër nga kishat e mbetura të Vithkuqit, kisha e Shën Nikollës, Shën Athanasit që ishte më e vjetra, Shën Joanit dhe e Shën Parashqevisë.
Nga kishat e vjetra që kanë mbetur në Vithkuq përmendim kishën e Shën Marisë, që daton në gjysmën e dytë të shek. XVII; kishën e Shën Minait, të shek. XVIII; kishën e Ungjillëzimit të Hyjlindëses, të shek. XVIII; kishën e Shën Gjergjit, të gjysmës së dytë të shek. XVIII, një periudhë që përkon me zgjerimin urbanistik të Vithkuqit, ku secila lagje kishte dhe kishën e vet.